Μπορεί στην υπόλοιπη Ευρώπη το υδροηλεκτρικό δυναμικό σε μεγάλο βαθμό να έχει αξιοποιηθεί, όμως στην Ελλάδα οι χρονοβόρες αδειοδοτικές διαδικασίες κρατούν πολύ πίσω την ανάπτυξη των μικρών υδροηλεκτρικών σταθμών. Ανασταλτικός παράγοντας και οι αντιδράσεις τοπικών κοινωνιών. Τα προβλήματα κοινά για όλες τις τεχνολογίες των ΑΠΕ, αλλά με την πολιτεία θεατή.
Όπως επισημαίνουν στο iEnergeia.gr παράγοντες της αγοράς η ανάπτυξη τους συναντά μεγάλα εμπόδια, με τις υπηρεσίες που εμπλέκονται στην αδειοδότησή τους να μην έχουν την απαραίτητη εξειδίκευση, ενώ δύσπιστες είναι και οι κοινωνίες. «Πρέπει να περιμένουν όρους σύνδεσης στον ΔΕΔΔΗΕ από 2-6 μήνες», αναφέρουν παράγοντες της αγοράς και προσθέτουν πως μπορεί με την πρόσφατη νομοθεσία να δόθηκε προτεραιότητα και για την ανάπτυξη των μικρών υδροηλεκτρικών, όμως μέσα σε 36 μήνες πρέπει να έχουν όρους σύνδεσης. Με την προϋπόθεση βέβαια να υπάρχει ΑΕΠΟ.
Οι ίδιοι παράγοντες επισημαίνουν πως τελικά η αδειοδότηση ενός μικρού υδροηλεκτρικού σταθμού θα χρειαστεί από τρία έως τέσσερα χρόνια. Παρόλο που υπάρχει καλό υδάτινο δυναμικό και ενώ ελάχιστες περιοχές έχουν αξιοποιηθεί το πρόβλημα των καθυστερήσεων παραμένει. Σύμφωνα με στοιχεία που παρουσίασε ο κ. Διονύσης Παπαχρήστου, διευθυντής Γραφείου Τύπου και Δημοσίων Σχέσεων της ΡΑΕ, σε πρόσφατη εκδήλωση του Ελληνικού Συνδέσμου Μικρών Υδροηλεκτρικών Έργων με άδεια λειτουργίας βρίσκονται 125 έργα(μικρά υδροηλεκτρικά) με ισχύ 242,1 MW, με άδεια εγκατάστασης 45 και ισχύ 109,5 MW, με ΑΕΠΟ 51 με ισχύ 135,8MW, με βεβαίωση παραγωγού/ άδεια παραγωγής πριν το στάδιο της ΑΕΠΟ 379 έργα και ισχύ 605,2MW. Το σύνολο των αδειών παραγωγής/βεβαιώσεων παραγωγών είναι 600 έργα με ισχύ 1092,6MW.
Τα μικρά υδροηλεκτρικά έχουν σταθερή παραγωγή ρεύματος μέχρι και το Μάιο όπου σταδιακά και μέχρι τρεις μήνες περιορίζουν την λειτουργία τους, δίνοντας έτσι για παράδειγμα προτεραιότητα στις αρδεύσεις. Το σημαντικό όμως είναι ότι αποτελούν και ένα βασικό εργαλείο για τη σταθερότητα του συστήματος. Πάντως, παράγοντες της αγοράς τονίζουν πως δεν δόθηκε έμφαση στη στήριξη αυτού του κλάδου και αυτό φαίνεται μεταξύ άλλων από τα κενά που υπάρχουν ακόμα και στο χωροταξικό πλαίσιο.