Το υπουργείο έχει υπό την εποπτεία του το Πράσινο Ταμείο, τον Ειδικό Λογαριασμό Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας και Συμπαραγωγής Ηλεκτρισμού Θερμότητας Υψηλής Απόδοσης (ΑΠΕ και ΣΗΘΥΑ), τον Ειδικό Λογαριασμό του Ταμείου Ενεργειακής Μετάβασης (ΤΕΜ), τον Ειδικό Λογαριασμό Υπηρεσιών Κοινής Ωφέλειας (ΕΛΥΚΩ), την Εταιρεία Παγίων Ύδρευσης και Αποχέτευσης Πρωτεύουσας (Παγίων ΕΥΔΑΠ), τη Δημόσια Εταιρεία Συμμετοχών Ανεξάρτητου Διαχειριστή Μεταφοράς Ηλεκτρικής Ενέργειας (ΔΕΣ ΑΔΜΗΕ), τον Ελληνικό Οργανισμό Ανακύκλωσης (ΕΟΑΝ), την Ελληνική Αρχή Γεωλογικών και Μεταλλευτικών Ερευνών (ΕΑΓΜΕ), το Κέντρο Ανανεώσιμων Πηγών και Εξοικονόμησης Ενέργειας (ΚΑΠΕ), τον Διαχειριστή Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας και Εγγυήσεων Προέλευσης (ΔΑΠΕΕΠ) ΑΕ, την Ελληνική Διαχειριστική Εταιρεία Υδρογονανθράκων και Ενεργειακών Πόρων (ΕΔΕΥΕΠ) ΑΕ καθώς και τον Οργανισμό Φυσικού Περιβάλλοντος και Κλιματικής Αλλαγής (ΟΦΥΠΕΚΑ).
Όλα τα παραπάνω νομικά πρόσωπα εκτιμάται ότι θα εμφανίσουν για το έτος 2023 πλεόνασμα ύψους 671 εκατ. ευρώ, το οποίο προέρχεται κυρίως από τους Ειδικούς Λογαριασμούς ΑΠΕ και ΣΗΘΥΑ και ΤΕΜ καθώς και από το Πράσινο Ταμείο, ενώ για το 2024 προβλέπεται πλεόνασμα ύψους 287 εκατ. ευρώ, το οποίο θα προέλθει κυρίως από τους ίδιους φορείς.
Το 2023 ο τακτικός προϋπολογισμός του υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας εκτιμάται να διαμορφωθεί στα 689,7 εκατ. ευρώ. Κατά τη διάρκεια του 2023 ενισχύθηκε με πιστώσεις ύψους 378,3 εκατ. ευρώ, εκ των οποίων ποσό ύψους 367,1 εκατ. ευρώ αφορά σε μεταβίβαση πόρων στον ειδικό λογαριασμό του ΤΕΜ για την αντιμετώπιση των συνεπειών της ενεργειακής κρίσης στην ελληνική οικονομία και ποσό ύψους 11,2 εκατ. ευρώ αφορά σε δαπάνες μισθοδοσίας και ασφαλιστηρίου συμβολαίου των εργαζόμενων της ΛΑΡΚΟ.
Για το 2024 προβλέπονται συνολικές πιστώσεις 295,2 εκατ. ευρώ, οι οποίες θα αντιμετωπίσουν κυρίως τις αποδόσεις στο Πράσινο Ταμείο, στον ΕΟΑΝ και στον ειδικό λογαριασμό ΑΠΕ και ΣΗΘΥΑ από την επιβολή πράσινου τέλους στο πετρέλαιο εσωτερικής καύσης “diesel”.
Το σύνολο των δαπανών του υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας για το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων του 2024 προβλέπεται να ανέλθει στα 730 εκατ. ευρώ. Εξίσου σημαντικοί πόροι ύψους 798 εκατ. ευρώ, θα διατεθούν από το Ταμείο Ανάκαμψης για τη χρηματοδότηση δράσεων του υπουργείου, όπως «Έξυπνες περιβαλλοντικές και πολιτιστικές υποδομές (smart infrastructure)», «Στρατηγικές αστικές αναπλάσεις», ενεργοποίηση προγράμματος πολεοδομικών μεταρρυθμίσεων, που αφορά σε χρηματοδότηση ειδικών πολεοδομικών μελετών μείζονος σημασίας για την ανάπτυξη Τοπικών Πολεοδομικών Σχεδίων σε τουλάχιστον 700 Δημοτικές Ενότητες και την ανάπτυξη τουλάχιστον πέντε Ειδικών Πολεοδομικών Σχεδίων κ.α.